Sempre trabalhando com comparativos de imagens.. aqui onde trabalho faco com sangue.
comparo as imagens dos globulos vermelhos para determinar os dados do hemograma..
funciona com o mesmo padrao toda vez que colocar a digital ele vai à tabela de indice e procura a imagem referente a sua figerprint
crie um banco de dados local no leitor pois ele vem com memoria interna, para uns 300 registro em média.
enfim o leitor escaneia o dedo, ai ele encontra o codigo no banco local, e ai envia para o banco de dados da rede apenas o codigo do funcionario nao a imagem, o comparativo de imagens ele faz dentro do leitor.
porem quanto a isso voce nao precisa se preocupar, compre um leitor que ja faca isso pra voce, assim voce desenvolve apenas a aplicacao para ler os codigos dos funcionarios.
basicamente e isso