Consegui resolver, o erro era na data que estava mandando para o banco de dado no formato errado, ai ela estava ficando varias horas adiantada e deveria ser apenas 59 segundos, o codgo fico assim...
function cronometro(data){
$("#tempoJogada").countdown(data)
.on('update.countdown', function(event){
$(this).text(event.strftime('%S'));
}).on('finish.countdown', function(event) {
$(this).html('00');
});
}
cronometro('$_SESSION['tempo_duel']');
Tive que fazer uma alteraçao na data passada no parametro, ela nao pode ser passada por uma session, pq vai ser vista por mais de um usuario, no caso para resolver essa soluçao peguei a data direto da tabela no banco de dados desta maneira..
cronometro('
<?php
$sql2 = "SELECT * FROM tb_cont";
$res2 = mysqli_query($con,$sql2);
while($reg2 = mysqli_fetch_row($res2))
{
$tt = $reg2[1];
}
echo $tt;
?>
');
Acredito que tenha outras maneiras mais eficientes de fazer esse segundo caso, no momento vou deixar assim msm e ir implementando o que falta, caso eu ache outra forma melhor mais para frente eu edito aqui.