Salve T-Rexz, eu notei que esse bug só ocorre em algumas resoluções, a minha é 1920x1080 (usando o chrome) e ocorre, em algumas menores não ocorre.
Reproduzindo algo parecido com o seu exemplo que me veio na cabeça aqui, eu percebi uma coisa.. O comando repeat-y tá distorcendo um pouco a qualidade da imagem (não faço ideia do motivo), fazendo ocorrer esse mini bug..
No meu projeto, eu criei o background inteiro do site no photoshop, que tem esse menu com a borda dourada, nesse exemplo da imagem é o encontro da imagem do topo com a do meio... Eu separei o background em três partes (as 3 possuem um pedaço do menu dourado), uma top (cabeçalho), bottom(rodapé) e esta 'fon-repeat' no centro, que vai se multiplicando em cada página em uma quantidade diferente, pois as páginas não tem o mesmo tamanho..