Bom dia Breno!
Creio que o resumo da sua pergunta seja como obter o id do usuário corrente(que no seu caso será empresa) para salvar na tabela de usuário né ?!
Se for isso mesmo, o Devise disponibiliza alguns filters e helpers que você pode usar em qualquer controller/view.
Um deles é o current_user(mas no seu caso será current_empresa).
Esse helper refere-se à empresa conectada atualmente.
OBS: Lembrando que você precisa adicionar um before_filter em seus controllers para que o devise faça a autenticação e disponibilização dos filters e helpers. Para configurar, basta incluir em seu controller:
before_filter :authenticate_empresa!
Com isso, na action(método) create do seu controller de Usuario(usuarios_controller.rb), você poderá criar o usuário da seguinte maneira:
def create
...
current_empresa.usuarios.create(params[:NomeDoParametro])
ou
Usuario.create(empresa_id: empresa_current.id, ...)
...
end
Aconselho você ler a documentação do Devise no github.
https://github.com/plataformatec/devise#controller-filters-and-helpers
