Para vc resetar uma tabela, ela precisa estar vazia..., pois os dados contém uma numeração com a ID auto-incrementada, então não tem como resetar com dados, a melhor forma de fazer isso apagar e recriar a sua tabela, de forma que não tenha a definição por default tipo: AUTO_INCREMENT=6, aconselho que vc modifique:
exemplo, se sua tabela estiver assim:
CREATE TABLE `usuario` (
`usr_id` mediumint(5) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`grp_id` smallint(2) unsigned NOT NULL,
`crg_id` tinyint(2) unsigned DEFAULT NULL,
`rvd_id` mediumint(5) unsigned DEFAULT NULL,
`rde_id` smallint(3) unsigned DEFAULT NULL,
`lja_id` mediumint(5) unsigned DEFAULT NULL,
`dst_id` tinyint(2) unsigned DEFAULT NULL,
`fll_id` tinyint(2) unsigned DEFAULT NULL,
`usr_nome` varchar(100) COLLATE latin1_general_ci NOT NULL,
`usr_cpf` char(11) COLLATE latin1_general_ci NOT NULL,
`usr_rg` varchar(20) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_login` varchar(150) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_senha` varchar(50) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_lembrete` varchar(100) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_email` varchar(100) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_site` varchar(200) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_cep` char(9) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_endereco` varchar(200) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_numero` varchar(10) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_complemento` varchar(50) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_bairro` varchar(50) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_cidade` varchar(200) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_uf` char(2) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_telefone` varchar(17) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_celular` varchar(17) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_dt_nasc` date DEFAULT NULL,
`usr_sexo` enum('M','F') COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_tamanho` enum('P','M','G','GG') COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_est_civil` varchar(13) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_escolaridade` varchar(19) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_renda` varchar(24) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_leu_regulamento` enum('S','N') COLLATE latin1_general_ci DEFAULT 'N',
`usr_ativo` enum('S','N') COLLATE latin1_general_ci DEFAULT 'N',
`usr_status` tinyint(1) unsigned DEFAULT '0',
`usr_hash` char(32) COLLATE latin1_general_ci DEFAULT NULL,
`usr_dt_cadastro` timestamp NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP,
`usr_dt_atualizacao` datetime DEFAULT NULL,
`usr_alt_senha` date DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (`usr_id`,`grp_id`),
KEY `usuario_FKIndex3` (`fll_id`,`dst_id`),
KEY `usuario_FKIndex4` (`lja_id`,`rde_id`),
KEY `usuario_FKIndex5` (`rvd_id`),
KEY `usuario_FKIndex6` (`crg_id`),
KEY `usuario_FKIndex7` (`grp_id`)
) ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=45623 DEFAULT CHARSET=latin1 COLLATE=latin1_general_ci;
mude seu: ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=6 DEFAULT CHARSET=latin1 COLLATE=latin1_general_ci; do final: para ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1 COLLATE=latin1_general_ci;