Por que raios você está preocupado com diretórios? MVC não tem absolutamente nada a ver com diretórios. Não importa a arquitetura que você vá utilizar; siga as PSR; a PSR-4 diz respeito ao autoloader: http://www.php-fig.org/psr/psr-4/     Grande é relativo; grande comparado a quê? A sugestão de trabalhar com DDD é interessante; tente visualizar cada um dos contextos da aplicação e trabalhá-los individualmente; isso evita que você se perca num emaranhado de coias.     Por quê?