Com JavaScript algo mais ou menos assim:
setInterval(function(){
$.ajax({
type: 'POST',
url: 'atualiza_pontos.php'
});
}, 50000);
O setInverval, como o proprio nome remete, executa um comando em determinado intervalo de tempo, neste caso, o 50000 aí é só você fazer o ajax chamar o arquivo que atualiza os pontos do usuário, bem simples.