Trabalhando com + de 1 projeto

Olá Galera! Sou novato em php, na verdade, estou começando a aprender esta linguagem. Então comprei os livros e mãos a obra. .. e a minha dúvida é o seguintes : - Criei um arquivo chamado Index.php e o salvei no c:\>apache\htdocs, até aí tudo bem, estou trabalhando com este arquivo e demais seguindo os exercícios do livro. Porém na vida prática se eu estiver trabalhando com 02 projetos, ou seja, fazendo 02 sites, na verdade já até estou passando por algo parecido, é que tenho + de 1 livro e ambos utilizam arquivos de exemplo. Como farei p/ salvar os arquivos? digo aonde? porque se eu jogar todos os arquivos p/ mesmo diretórios (htdocs) no final fica com uma miscelânia, bagunça, pois são vários arquivos e acabo não sabendo qual é de qual site. - Existe uma forma de ir salvando os arquivos de cada site em diretórios separados? pior é com o arquivo inicial o index.php, porque neste caso só pode haver um no diretório htdocs.