PHP, JS e CSS Onde colocar kda?

Bom cada pagina faz uma consulta diferente no banco atravez do php se você estiver fazendo um sys por exemplo, eu to colocando o codigo php na propria pagina, é melhor uma pagina func.php separada que carregue todas as funções ki eu utilizo na pagina ou coloco cada função ki eu utilizo na propria pagina, exceto as que sejam comuns a todas????O CSS a duvida é a mesma, coloco todo o codigo CSS em um CSS geral? Ou divido por categorias? E os que forem especificos de uma determinada pagina? Deixo na pagina mesmo ou coloco no geral??E o JS é a mesma coisa, coloco as funções na pagina que utiliza elas ou em um outro arquivo??Acho ki a duvida é meio de estruturação e organização, se alguem puder me ajudar eu agradeço!!!