problemas com chkdsk

pessoal,tenho o win xp pro com duas partições (C e E) de uns tempos pra ca toda vez que eu ligo o pc o chkdsk inicia uma varredura na partição E (e somente nele), já deixei o chkdsk concluir a varredura mais de mil vezes, mas não adiantou tentei desativa-lo pelo msconfig, porem não achei nenhuma opção.Alguém saberia me responder como resolver isto e o pq isto ta acontecendo já que o pc esta sendo desligado corretamente e a varredura já foi concluida por diversas vezes???/muito obrigada.