mesclar partição ou cloná-la

Olá pessoa, estou com um computador fazendo Raid 0 , que é de 40 Gb com windows 2003 server, sendo que eu gostaria de cloná-lo para um de 80 Gb sem fazer mais Raid, o problema é que os programas que eu tenho não reconhecem a partição, não sei se é por causa do Raid ou do Windows 2003, eu gostaria de saber como posso resolver isso e se eu poderia pegar os 2 Hds de 40 e fazer a mesclagem ... sendo que sem perder os arquivos do hd principal... obrigado