Problemas com compilação de aplicações

Boa Tarde,Estou enfrentando um problema com algumas aplicações da minha empresa. Todas as aplicações foram desenvolvidas na versão 1.1 do framework, e agora convertemos pra 2.0. O problema todo é que não podemos liberar o código fonte das aplicações p/ os clientes, e quando tentamos executar o procedimento p/ compilar a aplicação, ele apresenta erros que impedem a conslusão do processo e criação dos arquivos de apresentação (com código fonte fechado).Alguem sabe como gerar o site compilado iguinorando erros da aplicação?Abraços