Segurança nos scripts

Boa tarde galera do Imasters, estou com um probleminha, tem um cidadão invadidno o sistema de um cliente meu. Bom, estou usando sessoes, acesso com login e senha que estão sendo criptografadas com md5. Bom, o que quero saber é como posso saber por onde ele entrou, qual falha ele pode ter usado, se ele usou algum programa pra vasculhar falhas, por ai. Se vcs puderem me indicar um programa pra que eu possa vasculhar falhas agradeço. Bom, todas as dica que vcs me disserem eu vou fazer, outra coisa, gostaria que me indicassem um site que dessem dicas de segurança com o php, pra que eu possa estar aperfeiçaondo os scrips. Bom, é isso ai, todas as ajudas que eu receber se~rao bem vindas e desde ja agradeço a atenção de todos. Abraços