Boleto Bancário com Registro tem como?

Aê galera estou precisando implantar um sisteminha de boleto para um cliente meu, so tem o seguinte problema, ele trabalaha com o sistema de cobrança do Bradesco e todos os boletos que ele emite são registrados por meio de um software e depois transmitidos via web para o Bradesco. Ele me questionou se os boletos que forem gerados pela internet poderia ser usados no mesmo esquema dos boletos registrados confesso que eu me assustei com a pergunta pois nunca trabalhei com boletos, eu sei que os boletos registrados abrem margem para que se possa protestar o título caso não seja pago.

Alguém saberia me dizer como é que funciona este esquemas de boletos, e se tem como pelo menos gerar uma numeração sequencial para se possa ter um controle.

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