Relacionamento de tabelas

Galera estou iniciando um sistema que vai ter 6 tabelas todas relacionadas.oque eu gostaria de saber é o seguinte, eu hoje uso o phpmyadmin, para criar tabelas, até estou com uma duvida sobre como relacionar tabelas nele, mas isto é outra coisa.e gostaria de saber se à necessidade deu começar a progrmaar em mysql puro, ou é normal continuar utilizando o phpadmin para sitemas um pouco mais complexos ?alguem pode me tirar esta duvida, grato !