Shell_exec() + Segurança

olá pessoal,criei um sistema que atende perfeitamente certas necessidades que tenho, cria arquivos e diretórios e tudo.mas como faço para configurar meu servidor para só aceitar chamadas shell_exec, exec, system, ou algo parecido somente do meu site?? o ideal seria que este meu sistema rodasse como um usuário diferente dos demais sites, para eu dar as devidas permissões a ele no sudoers, mas não sei se é possível, é?usofreebsd 6.2apache 2.2php 5seria de grande ajuda qualquer comentáriograto