Ajax + require_once

Galera é o seguinte, tenho uma pagina onde são chamados dois arquivos via require_once no primeiro arquivo estao as funcoes do meu sistema e no outro é o conteudo principal, até ai tudo ok, o problema é que quando eu altero o conteudo desse require_once principal via ajax ele nao enxerga as funcoes do outro require_once onde estao as funcoes a primeira vez que o site é aberto tudo funciona certo mas se eu altero o arquivo ferra tudo, eu fiz um teste colocando o require_once das funcoes nos arquivos que estao sendo abertos e funcionou e ai esta a minha dúvida, esta certo fazer isso pq no meu conceito dessa forma eu estou chamando o arquivo duas vezes nao é isso? e fora que eu tbm estou tendo que fazer isso com os select's tambem.

Se alguem puder me dar um help agradeço.

Obrigado

Elton