Garantir e Proteger a Propriedade Intelectual

Boa tarde.

Desenvolvo sistemas para Intranet em PHP. Alguns sistemas são muito específicos onde somente uma determinada empresa utiliza. Agora estou desenvolvendo outros sistemas que servirão para um determinado segmento industrial.

Surge então a necessidade de garantir este sistema em PHP não será pirateado.

Qual seria a melhor solução para proteger o sistema e garantir os direitos autorais?

• Zend Encoder ? O preço é caro, mas será que é funcional ? torna lento a execução dos códigos ?
• Registrar o sistema ? É possível ? Não sei como funciona e nem o preço.

Ou outra solução que desenvolvedores da mesma linha já utilizam.

Obrigado.