Isso já está me torrando a paciência...

Quem sabe isso ajude:

var PressArrasta:Function = function($evento:MouseEvent):void{
	$evento.currentTarget.startDrag();
	Atual = $evento.currentTarget as Sprite;
}
var ReleaseArrasta:Function = function($evento:MouseEvent):void{
	$evento.currentTarget.stopDrag();
	Atual = null;
}

var Atual:Sprite = null;
var VerificarNivel:Function = function($evento:MouseEvent):void{
	var $i:int;
	var $objeto:Sprite;
	var $nivelAtual:int;
	var $nivelNovo:int;
	if(Atual != null){
 for($i=0; $i < pecas.numChildren; $i++){
 $objeto = pecas.getChildAt($i) as Sprite;
 if($objeto != Atual){
 $nivelAtual = pecas.getChildIndex(Atual);
 $nivelNovo = pecas.getChildIndex($objeto);
 if($objeto.hitTestObject(Atual)){
 if(Atual.y > $objeto.y && $nivelAtual < $nivelNovo){
 pecas.addChildAt(Atual,$nivelNovo);
 }else if(Atual.y < $objeto.y && $nivelAtual > $nivelNovo){
 pecas.addChildAt($objeto,$nivelAtual);
 }
 }
 }
 }
	}
}

stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_MOVE,VerificarNivel);

var pecas:Sprite = new Sprite();
this.addChild(pecas);

var DesenharQuadrado:Function = function($cor:uint):Sprite{
	var $desenho:Sprite = new Sprite();
	$desenho.graphics.beginFill($cor);
	$desenho.graphics.drawRoundRect(0,0,50,50,10);
	$desenho.graphics.endFill();
	$desenho.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN,PressArrasta);
	$desenho.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_UP,ReleaseArrasta);
	pecas.addChild($desenho);
	return $desenho;
}

var d1:Sprite = DesenharQuadrado(0x000000);
var d2:Sprite = DesenharQuadrado(0x0000FF);
var d3:Sprite = DesenharQuadrado(0xFF0000);
var d4:Sprite = DesenharQuadrado(0x00FF00);

Valeu aí Foxn, depois dou uma adaptada aí pra encaixa no meu código aí digo se funcionou!

Há uma pequena falha quando se move os objetos com muita rapidez, mas segue ai um melhoramento que resolve o problema:

var VerificarNivel:Function = function($evento:MouseEvent):void{
	var $i:int;
	var $objeto:Sprite;
	var $nivelAtual:int;
	var $nivelNovo:int;
	if(Atual != null){
 for($i=0; $i < pecas.numChildren; $i++){
 $objeto = pecas.getChildAt($i) as Sprite;
 if($objeto != Atual){
 $nivelAtual = pecas.getChildIndex(Atual);
 $nivelNovo = pecas.getChildIndex($objeto);
 if($objeto.hitTestObject(Atual)){
 if(Atual.y > $objeto.y && $nivelAtual < $nivelNovo){
 pecas.addChildAt(Atual,$nivelNovo);
 }else if(Atual.y < $objeto.y && $nivelAtual > $nivelNovo){
 if($nivelNovo == 0){
 pecas.addChildAt($objeto,0);
 pecas.addChildAt(Atual,0);
 }else{
 pecas.addChildAt(Atual,$nivelNovo-1);
 }
 }
 }
 }
 }
	}
}

Opa valeu aí Foxn!!!

Peguei a lógica aí e fiz uma gambiarra danada usando o sort da array de Unidades para poder trocar a profundidade das unidades com um algoritmo um pouco mais simples do que o que eu usava e deu certo não achei nenhum erro mais! Valeu aí cara!