Rodando 2 mysq

Queria saber se tem como eu rodar 2 mysql diferentes, pois tenho 1 programa aqui q uso e o banco de dados dele é mysql e tb tenho uma aplicação feita em php com banco de dados e tb usa o mysql, ja tentei trocar porta mas o programa para de funcionar, e se troco no do php ele tb nao consegue conectar, alguem sabe o q posso fazer???