Limite de tempo de processamento no BD

Ao fazer um teste (no meu pc com o EasyPHP) , deletando aproximadamente uns 9400 registros via comando PHP, notei que pesou um pouco e se não me engano surgiu uma mensagem de limite expirado ou coisa parecida.

Para deletar tal quantidades numa pancada só, é recomendável algum procedimento para pausar ou não ?

E caso seja, poderiam dar uma dica de como programar ?

Obs: Além de deletar no BD, o nome do arquivo, o script deleta também o arquivo na pasta.

Aproveitando, o que significa a sobrecarga que o phpMyAdmin, acusa nos dados da estrutura da tabela?

Grato