Como elimino o lixo do arquivo ?

Pessoal tenho q entregar esse trabalho pronto as 19 horas de hoje, sei q é sexta de carnaval mais tentem me ajudar por favor , no 3 arquivo onde eu salvo o vetor preciso q não seja salvo o lixo das posições q foram eliminas por serem repetidas

Tentei usar o cont da funcao q faz a junção mais não to conseguindo http://forum.imasters.com.br/public/style_emoticons/default/ermm.gif

Segue o codigo

/******************************************************************************/
/ Escrever funções que completam o programa abaixo: /
/******************************************************************************/
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

void Leitura_Arquivo_Inteiros(char argv, int vet, int qnt);//ler os arquivos
void Escreve_Arquivo_Inteiros(char argv, int vet, int qnt);//gravar em arquivo
void SelectionSort (int a[], int array_size); //ordenar o vetor
int Uniao_Vetores (int vetA, int qntA, int vetB, int qntB, int *vetC, int qntC);//unir 2 vet sem repetir os numeros

int main(int argc, char *argv[])
{

	int qntA = 5, vetA[qntA];
	int qntB = 10,vetB[qntB];
	int qntC = 15,vetC[qntC];

 if(argc < 4)
 {
 printf("\nErro: Digite o nomes dos arquivos !!!\n\n");
 system("pause");
 exit(1);
 }

 Leitura_Arquivo_Inteiros(argv[1],vetA,qntA);
 system("pause");
 system("cls");

 Leitura_Arquivo_Inteiros(argv[2],vetB,qntB);
 system("pause");
 system("cls");

 Uniao_Vetores(vetA,qntA,vetB,qntB,vetC,qntC);

 Escreve_Arquivo_Inteiros(argv[3],vetC,qntC);
 system("pause>>null");

	return(0);
 }

void Leitura_Arquivo_Inteiros(char argv, int vet, int qnt)
{

 FILE *arquivo;
 int lidos, j;

	if ((arquivo = fopen(argv,"r")) == NULL)
 {
 printf("Erro ao abrir arquivo!!!\n\n");
 system("pause");
 exit(1);
 }

	lidos = 0;

	while(fscanf(arquivo, "%d", &vet[lidos]) == 1)
 {
 lidos++;
 }

	fclose(arquivo);

	printf("\nNumeros lidos : %2d\n",lidos);
	printf("Os numeros sao:\n");

	for(j=0; j<lidos; j++)
 {
 printf("%2d\n", vet[j]);
 }
}

void Escreve_Arquivo_Inteiros(char arg, int numeros, int tam)
{

	FILE *arquivo;
	int i;

	if((arquivo = fopen(arg,"w")) == NULL)
	{
 printf("Erro ao abrir arquivo!!!\n\n");
 system("pause");
 exit(1);
	}

	for (i=0; i<tam; i++)
	{
 fprintf(arquivo, "%d\n", numeros[i]);
	}

	fclose(arquivo);
	printf("\n\t Dados gravados com sucesso em %s\n\n",arg);
}

int Uniao_Vetores(int vetA, int qntA, int vetB, int qntB, int *vetC, int qntC)
{

 int i,j,c = 0;
 int aux = 0;
 int cont = 0;

 for(i=0;i<qntA;i++)
 {
 vetC[c] = vetA[i];
 c++;
 cont++;
 }

 for(i = 0; i < qntB; i++ )
 {
 for( j = 0; j < qntA; j++)
 {
 if (vetB[i] != vetA[j])
 aux = 1;

 else
 {
 aux = 0;
 break;
 }
 }

 if (aux == 1)
 {
 vetC[c] = vetB[i];
 c++;
 cont++;
 }

 }

 SelectionSort(vetC, qntC);
 printf("\nVETOR CONCATENADO\n");

 for(c=0;c<cont;c++)
 {
 printf("vetC[%2d] = %2d\n",c,vetC[c]);
 }

 system("pause");
 system("cls");
 printf("\n\n\t\t UNIAO REALIZADA COM SUCESSO!!!!\n\n");
}

void SelectionSort(int a[], int array_size)
{

 int i;
 for (i = 0; i < array_size - 1; ++i)
 {
 int j, min, temp;
 min = i;
 for (j = i+1; j < array_size; ++j)
 {
 if (a[j] < a[min])
 min = j;
 }

 temp = a[i];
 a[i] = a[min];
 a[min] = temp;
 }
}