inserir sql no codigo php. como?

Aí rapaziada...a dúvida é a seguinte:

trabalho em uma escola pública e estou tentando ciar um sistema de boletin de notas para deixar as notas dos alunos disponiveis para consulta na net.

criei as tabelas (alunos, professores, turmas, funcionários, etc...) no entanto o máximo que consegui foi criar um sistema de busca interna, onde os funcionários conseguem capturar os dados de alunos e professores...tenho uma vaga ideia de como relacionar campos das tabelas no mysql...mas não tenho idéia de em que parte do código php ensiro a consulta sql para criar a relação com o banco de dados...dá um help aí galera...ainda estou aprendendo...