Transferir dados web / desktop

Olá pessoal, boa noite.

O motivo de eu criar este tópico é porque me surgiu uma dúvida após ler outro tópico falando de uma aplicação desktop que acessa o banco de dados web.

Seguinte:

Digamos que eu quero passar informações de um sistema desktop para web, porém o banco de dados na web que receberá os dados é o mesmo acessado pela página principal do site (digamos que eu tenha muitos usuários que acessam a página), sendo assim o desemprenho do site inteiro cai quando o sistema desktop acessa o banco correto?

*obs; no exemplo não há necessidade das informações estarem num memso banco de dados, elas seriam independentes

agora eis a questão: se fossem criados 2 banco de dados para que a aplicação desktop acesse apenas o dele (para armazenar a 'tal' informação) sem conectar ao da página inicial resolveria o problema de desempenho ou isto está relacionado ao servidor que o banco está hospedado e não a bancos diferentes? :huh:

Agradeço aew pipows*