Conflito na inclusão de arquivos JS

Olá, tudo bem com vocês?

Estou um problema de conflito nos meus arquivos .js

Eu estou usando jquery e prototip, mas se eu incluo os arquivos jquery e prototip ele da conflito

//jquery

<script type="text/javascript" src="js/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/twitter.js"></script>

<script src="[http://www.google-analytics.com/urchin.js"](http://www.google-analytics.com/urchin.js) type="text/javascript"></script>
<script type='text/javascript' src='http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/prototype/1.6.1/prototype.js'></script>
<script type='text/javascript' src='js/prototip/prototip.js'></script>
<script type='text/javascript' src='http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/scriptaculous/1/scriptaculous.js'></script>
<script type="text/javascript" src="includes/modalbox.js"></script>

Só que assim se eu deixo o do prototype o jquery que pega os meus ultimos twittes não funciona.

Porque ele da esse conflito e como faço pra resolver?