Como inserir chaves estrangeiras a partir da query php

Oi Pessoal!

Tenho um banco de dados com vários relacionamentos entre as tabelas, ate ai td bem, mas na hora de inserir os dados esta o problema como inserir os valores. Estou usando chaves auto incremento e com o comando LAST_INSERT_ID()para pegar o ultimo id inserido pelo auto incremento, mas quando tenho relacionamentos com duas chaves ele não da certo... O que está acontecendo???????????

Obrigado

Abraços