Logica de sistema em php com mysql muito grande

Eu quero montar um sistema que em média vai ter 50 usuários, e para cada usuário vai ter em média 5 mil produtos cadastrados e 100 categorias, as tabelas seriam algo assim

tabela: usuarios

|id|user|senha|

tabela: produtos

|id|categoria|nome|

tabela: categoria

|id|nome|

mas se ficar assim, com 50 usuarios e cada um com media de 5 mil produtos e 100 categorias, iriar ter 250 mil produtos cadastrados e 5 mil categorias, oq ia deixar uma consulta bem demorada, mas tem sistemas gigantescos que usam alguma forma pra agilizar isso, no meu caso eu prescisaria para agilizar a consula de produtos por usuarios,

e não tenho a minima ideia doque pode me ajudar nisso, achei na internet algo sobre join do mysql e o usso do mysqli no lugar de mysql oq agilizo muito a busca de produtos por categoria. se alguem puder me ajudar, fico grato.