Como tudo funciona? PHP

Pessoal, venho por meio deste post fazer algumas perguntas em relação ao desenvolvimento de sites utilizando o PHP!

Estou desenvolvendo um site, e necessito que o seu conteúdo seja guardado no MYSQL, para mostrar o conteudo eu adciono um "query_mysql", e então o meu conteúdo é mostrado na "<div id="conteudo" />" até aí tudo bem, vai mostrar o meu conteúdo do jeito que eu desejo, mas e se nesse conteúdo eu querer que mostre um outro script PHP? Como eu faço para pegar do mysql o meu conteúdo com o script php funcionando?(Guardar no mysql, um script php.) Por exemplo, desejo mostrar o conteúdo sobre lista de produtos (Loja Virtual), e dentro desse conteúdo vai haver o script que mostrará a lista, tudo isso dentro do mysql!

 

Outra dúvida é em relação aos scripts jquery, onde eu posso estar colocando o "<jscript></jscript>" ? No conteúdo armazenado no mysql ou na minha página index.php?

Gostaria que vocês me disessem, como é que vocês desenvolvem o site usando o PHP, como fazem, de que maneira fazem!

Quero cada vez mais, utilizar um conteúdo dinâmico e de fácil manuseio, obrigado!