Criptografia com arquivos

Olá galera beleza !!!

Sou um grande frequentador dos foruns do imaster e até ja ajudei algumas pessoas. Mas hj é eu que estou precisando de uma ajudinha. Gostaria de saber se alguém tem algum conhecimento em arquivos em C. Pois até consegui fazer a query o arquivo roda sem dar erro, mas o progrema é que na hora de executar não abre nada só pisca na tela.

Bom galera sem mais delongas segue o código abaixo.

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>

void encode(FILE input, FILE output, char *key)
{
// Ci=Pi+Ki (mod 26)

 int kindex=0,x;

 do
 {
 x=getc(input);
 if(x!=EOF)
 {
 if(!key[kindex])
 kindex=0;

 key[kindex]=toupper(key[kindex]);

 if(x>='A' && x<='Z')
 {
 x-='A';
 x=(x+key[kindex]-'A')%26;
 x+='A';

 kindex++;
 }
 if(x>='a' && x<='z')
 {
 x-='a';
 x=(x+key[kindex]-'A')%26;
 x+='a';

 kindex++;
 }

 putc(x,output);
 }
 }
 while(x!=EOF);
	putc('\n',output);
}

int main (int argc, char **argv)
{

	FILE *input,*output;
 char key[1024];

 if(argc!=4)
 {
 printf("Uso:\n%s <input_file> <output_file> <key>\n",argv[0]);
 exit(EXIT_FAILURE);
 }

 puts("\n\nDigite a chave:");
	fgets(key,1024,stdin);

 strncpy(key,argv[3],1024);
 if(strlen(key)==1)
 {
 printf("Chave de apenas um digito!\n");
 exit(EXIT_FAILURE);
 }

 input=fopen("entrada.txt","r");
 if(!input)
 {
 printf("Nao foi possivel abrir o arquivo %s\n","entrada.txt");
 exit(EXIT_FAILURE);
 }

 output=fopen("saida.txt","w");
 if(!output)
 {
 printf("Nao foi possivel criar o arquivo %s\n","saida.txt");
 exit(EXIT_FAILURE);
 }

 encode(input,output,key);

	fclose(input);
	fclose(output);

 return(0);
}

Desde já eu agradeço ajuda de vcs.

Obrigado

inforthiago