Upload por Linux cagando com o css

Oi gente!

Estou com um problema curioso, nunca tinha visto antes.

Tenho um estilo css que, ao ser testado no html, funciona certinho no IE e no Firefox.

Estou fazendo o upload por um servidor Linux, e quando coloco no ar, o posicionamento da página fica errado no IE!

O conteúdo fica certinho centralizado no Firefox, mas no IE ele fica sem posicionamento, alinhado à esquerda.

O css não tem nenhuma condicional pra caso for IE. Será que só criar essas condicionais basta, ou o problema é mais embaixo, por causa do servidor Linux?

Porque se fosse só um problema de condicional, na verdade não existiria, já que offline ele funciona nos dois, não?