UPDATE com arrays

Tenho um formulário assim:

<form id="form1" name="form1" method="post" action="">
 <input type="checkbox" name="checkbox[]" id="checkbox[]" value="1" /> Item 1
 <input type="checkbox" name="checkbox[]" id="checkbox[]" value="2" /> Item 2
 <input type="checkbox" name="checkbox[]" id="checkbox[]" value="3" /> Item 3
 <input type="submit" name="button" id="button" value="Submit" />
</form>

Quando envio (selecionando o 1o e o 3o por exemplo) eu faço um foreach e insiro no banco de dados apenas os que foram selecionados:

id value_id_ck

1 1

2 3

Entao, quando volto para o formulario o 1o e o 3o estao selecionados

Agora, se eu desmarcar o 1o e o 3o e marcar o 2o, como atualizar?

Como saber que havia registros no banco de dados que agora eu nao quero mais e que eu quero incluir outros?

Gostaria que o banco ficasse assim:

id value_id_ck

3 2