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No linux as permissões de arquivo são divididas em 3 grupos:
G1 será o usuário que criou o arquivo ou dono do arquivo.
G2 será o grupo de usuários a quem o usuário dono do arquivo pertence.
G3 será para todos os outros usuários.
Aplicando isso a função chmod em php, quem seria o segundo grupo (G2) num arquivo hospedado no servidor, se só existe o cara que tem acesso a conta dele (para enviar os arquivos por ftp) e os demais usuários?
Não entendi, o que é thread?
thread é o subprocesso de um processo principal:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Thread_(ci%C3%AAncia_da_computa%C3%A7%C3%A3o)
depende da configuração do servidor.
normalmente o usuário do FTP é o mesmo que roda o Apache (Apache em suExec, com cada thread rodando com usuário diferente) ou é do mesmo grupo de quem roda o Apache