Script externo ".js" retorna NaN mas funciona direto no html

Estou com uma dúvida que talvez não compense o trabalho dado...

Tenho um código Javascript que funciona 100% quando utilizado diretamente no HTML usando <script type="text/javascript"></script>.

Para deixar o HTML mais organizado criei um JS externo com o código e o incorporo no HTML com a linha.:

<script type="text/javascript" src="arquivo.js"></script>

Mas quando vou testar a página os valores retornam como NaN, sei que erros de NaN (Not a Number) são resolvidos utilizando o parseFloat() mas não entendo como o mesmo script funciona sem problemas quando inserido direto no HTML e apresenta erros quando incorporado através de um arquivo JS externo.

Trabalho bem mais com PHP e utilizo muito a função a "include" que basicamente inclui o arquivo externo incorporando ele no arquivo que faz a chamada, achei que o mesmo se aplicaria com o arquivo JS.

Alguém pode me dar uma luz do porque isso acontece ? Chamar o arquivo js externo não o incorpora automaticamente no HTML ?

Caso realmente seja necessário utilizar o parseFloat acredito ser melhor colar o código no HTML mesmo porque existem muito campos para se utilizar o parsefloat.