Como continuar execução em segundo plano?

Olá,

Tenho um programa que faz seguinte ele le arquivos txt trata os dados e insere no banco, então ele fica nesse loop ate acabar os arquivos:

le a linha txt > trata dados > insere banco

o problema é que se a jenala é minimizada ele para a execução na linha que estava e so continua se voltar para a janela como posso fazer para ele continuar executando mesmo que minimizado?