Duas Aplicações no mesmo server

Pessoal, não sei se exatamente como resolver isso:

Recentemente publiquei uma aplicação zend numa pasta um 2 niveis abaixo da raiz.

http://www.dominio/pasta1/aplicaçaoTal

Essa aplicação está funcionando ok

dentro da pasta aplicaçaoTal está um .htaccess conforme abaixo:

RewriteEngine on
RewriteRule .* index.php
php_flag magic_quotes_gpc off
php_flag register_globals off

Com somente essas linhas.

Agora eu preciso publicar outra aplicação porem essa deve estar no mesmo nivel da pasta1:

http://www.dominio/segundaAplicação.

Se eu colocar um .htaccess dentro dessa pasta, a outra aplicação deixa de funcionar ou melhor, nenhuma das duas aplicações funcionam

Como poderia resolver isso?