Cálculo Demorado

Bom dia a todos.

Eu estou aprendendo PHP e para aplicar os meus conhecimentos eu resolvi reproduzir em PHP um código que eu desenvolvi em C/C++.

A função do programa é similar ao cruzamento das ervilhas que todos nós aprendemos em biologia, você cruza X ervilhas verdes com Y ervilhas amarelas e o resultado são algumas ervilhas filhas verdes, outras amarelas, e outras meio termo (não vou entrar em detalhes).

O meu programa gera duas populações (representadas por dois arrays A e B - exemplificadas no código abaixo) de tamanho máximo de 500k unidades, e cada unidade tem as suas características.

O programa pega cada elemento do array A e cruza com um elemento aleatório do array B.

Logo após, o programa pega cada elemento do array B e cruza com um elemento aleatório do array A.

Posteriormente eu analiso os dois resultados obtidos, conseguindo assim o meu resultado final.

O problema ocorre justamente durante o cruzamento entre os arrays A e B.

Este cálculo demora cerca de 1 segundo para ser concluído no meu programa. Mas quando eu o escrevi em PHP, apesar do resultado final estar correto, ele levou cerca de meia hora !

Eu não entendi o porque desta demora. Estou usando o programa WampServer para simular um servidor.

Vou postar apenas as partes "relevantes" do código, estou deixando todas as estruturas (if-else, foreach etc) e todas as funções do PHP que eu utilizo (count, floor, mt_rand etc). As demais linhas (que não estão no código abaixo) fazem uso apenas as operações básicas (soma, subitração, multiplicação e divisão).

Sinceramente eu não tenho a menor idéia do que pode estar causando esta demora.

Se alguém puder contribuir com qualquer sugestão, por mais simples ou besta que seja, eu agradeço.

Obrigado a todos.

<?php
class QualquerCoisa
{

	private function Calcula($matriz_grupoA, $matriz_grupoB)
	{
 /*
 Estrutura das variáveis $matriz_grupoA e $matriz_grupoB.
 Cada um dos arrays pode ter até 500k posições contendo esta estrutura.
 $matriz_grupoX[] = array(
 'caracteristica1' => "isso",
 'caracteristica2' => "aquilo",
 'caracteristica3' => 0,
 'caracteristica4' => 0,
 'caracteristica5' => 0,
 );
 */
 if((count($matriz_grupoA) <= 0) || (count($matriz_grupoB) <= 0))
 {
 return;
 }

 foreach($matriz_grupoA as $unidade_selecionada)
 {
 $numero_de_unidades = (count($matriz_grupoB) - 1);
 $Unidade_Aleatoria	= mt_rand(0, $numero_de_unidades);

 if($A < $UnidadeB['caracteristica3'])
 {
 $C = floor(100 * $A / $B);
 }
 else
 {
 // Trolóló
 }

 if(($UnidadeB['caracteristica3'] <= 0) || ($A > 0))
 {
 if($A <= 0)
 {
 // Trolóló
 }
 }
 else
 {
 // Trolóló
 }

 if($A > 0)
 {
 if($UnidadeB['caracteristica4'] <= 0)
 {
 // Trolóló
 }
 }

 if($UnidadeB['caracteristica4'] <= ($D * $E))
 {
 $F = mt_rand(0, 99);
 if($F >= $G)
 {
 // Trolóló
 }
 }
 }
 return $resultado;
	}
}
?>

$numero_de_unidades = (count($matriz_grupoB) - 1);
foreach($matriz_grupoA as $unidade_selecionada)

 $A = $unidade_selecionada['caracteristica3'] * $matriz_grupoB[$Unidade_Aleatoria]['caracteristica3'];
 $B = $A + ($unidade_selecionada['caracteristica4'] / $matriz_grupoB[$Unidade_Aleatoria]['caracteristica5']);