Copiar array de objetos

Bom, amigos, pra quem conhece a teoria dos grafos ficará mais fácil entender a modelagem do problema.

Tenho uma classe chamada Grafo. Outra classe chamada Vértice. Uma outra classe chama-se CaixeiroViajante e uma outra ainda chama-se VizinhoMaisProximo. Estou estudando heurísticas do CaixeiroViajante.

Bom, eu leio um arquivo texto e crio para cada linha neste arquivo um objeto vértice Vértice com nome (chave associativa para a posição do vértice 1, 2, 3...), coordenadas X e Y, e um Booleano dizendo se este vértice foi visitado ou não. uma e armazeno cada um dos vértices numa estrutura de dados chamado ArrayVertices que fica na classe Grafo.

Então o Grafo possui as referências para estes objetos vértices num array. Ai eu passo o objeto Grafo pra classe CaixeiroViajante que vai realizando as operações. O problema é que, se eu tentar fazer mais de uma operação seguida (exemplo, se eu quiser calcular o caminho pelo Vizinho Mais Proximo mais de uma vez ou N vezes dentro de um LOOP), eu tenho um problema com o array de Vértices (alias, com os objetos dentro dele). O problema é que eu só faço os cálculos se os vértices não tiverem sido visitados. Porém, quando eu faço a primeira operação sobre os vértices, eu mudo a variável booleana de false pra true. Portanto, a partir da 2º vez ele acha que tudo já foi visitado e pára de calcular.

Para resolver isso, eu poderia criar cópias deste array de vértices. Mas se eu clonar o objeto Grafo, não dá certo pois o array de vértices dentro dele é um array de referencias, portanto ele mantém os ponteiros para aqueles objetos Vértices (que estarão todos visitados depois da primeira passagem por eles).

Algum de vocês sabe como resolver este problema? Conseguir copiar pelo menos uma vez esse Array de objetos? Pois se eu fizer isto, eu consigo guardar tudo numa variável aleatória e ficar sobrescrevendo sempre que eu tiver que calcular novamente.