Login seguro

Boa tarde galera!!

Estou com o seguinte problema:

Estou desenvolvendo um site que possui um sistema de login em cookies.. minha dificuldade é que os cookies podem ser alterados por qualquer um que possua algum programa ou saiba mecher no navegador, o que faz com que meu site fique vulnerável.

O que eu preciso saber é: qual o melhor método para se criar um login com cookies?

Sei que existem duas propriedades no cookie que fazem-o ficar seguro, que é a secure e httponly, que fazem com que o cookie se apague qndo tem seu valor alterado. O problema é que ao ativar essas propriedades, eu não consigo obter o valor do cookie em meu sistema.