Manipulando campo no MySQL com PHP

Olá, tenho um sistema para fazer onde vou criar uma area administrativa que contém varios módulos... ATENDIMENTO, FINANCEIRO, COMERCIAL ...

Tenho que fazer um módulo interno de Permissões, onde, no ato de cadastro de cada usuário, ou listo quais os modulos que ele poderá ter acesso ou não.

Só que eu já vi isso sendo cadastrado no banco da seguinte forma:

/applications/core/interface/imageproxy/imageproxy.php?img=http://www.facefilmes.com.br/locacao/imagens/sql.jpg&key=bdfb616efd3f382958cdea8517a8725591915e5b7306a3a6f0e2ee32249e2abe" alt="sql.jpg" />

Ou seja, ele separa o campo permissao_modulos da seguinte forma acima. ID do módulo (vírgula) e as demais ID's.

Como manipular isso no momento na consulta/inserção/alteração/exclusão