Remover DIV ao clicar em botão (Lógica)

O problema está no seu loop, coleções de elementos do DOM são especiais, pois são "live collections", no momento que você remove um elemento, a coleção é reindexada, o que interfere no restante do código.

Uma forma simples de evitar isso, é efetuar o loop apenas com os elementos que estão checados, ex:

window.onload = function() {

 var removeAllCheckedItems = function() {

 var disciplinasEl = document.getElementById( 'disciplinas' );
 checkedItems = (function(){

 var els = disciplinasEl.getElementsByTagName( 'input' ),
 ret = [];

 for( var i = 0, l = els.length; i < l; i++ ) {
 if( els[i].checked ) ret.push( els[i] );
 }

 return ret;
 }());

 for( var i = 0; i < checkedItems.length; i++ ) {
 disciplinasEl.removeChild( document.getElementById( checkedItems[i].value ) );
 }

 }

 document.getElementById( 'remove-items' ).onclick = removeAllCheckedItems;

};

Online: http://jsfiddle.net/JCMais/naTXC/

Se você não pretende oferecer suporte ao IE7-, você pode usar os métodos querySelector e querySelectorAll, tornando o código bem mais intuitivo: http://jsfiddle.net/JCMais/mzCpZ/

Leitura relacionada :seta: Why is getElementsByTagName() faster that querySelectorAll()?

Cara muito obrigado. Realmente era isso, seus exemplos são bem avançados mas com um estudo mais aprofundado vou utilizá-los com tranquilidade. "live collections" é novo pra mim rsrs

Se tiver qualquer problema ao interpretar o código, é só perguntar. :thumbsup: