Trabalhar com multiplas querys

Olá gente!

Seguinte, tenho ler um arquivo texto(1500 linhas) e incluir/atualizar as linhas em um banco mysql, da seguinte maneira:

se o registro existe então é atualizado

se não existe é inlcuído.

Minha dúvida é a seguinte, executo linha por linha diretamente no banco:

foreach ($file as $linha){
	if($this->existe($linha['cd_carga']){
 $this->db->query("UPDATE cargas ...");
	}else{
 $this->db->query("INSERT INTO cargas ...");
	}
}

ou concateno as querys para fazer uma única requisiçao no banco.

$query = '';
foreach ($file as $linha){
	if($this->existe($linha['cd_carga']){
 $query . = "UPDATE cargas ...";
	}else{
 $query .= "INSERT INTO cargas ...";
	}
}
$this->db->query($query);

Qual seria a maneira mais correta de fazer isso?

flws...