Update em tabela por partes

Olá,

tenho duas tabelas: Associados e Especialidades

Table Associados Table Especialidades

crm crm

especialidade_1 especialidade

especialidade_2

especialidade_3

Tenho que percorrer a tabela Especialidades e em cada registro pego o crm, ai tenho que percorrer a tabela Associados procurando pelo mesmo crm, se especialidade_1 estiver vazio, eu faço um update com o que eu peguei na coluna especialidades da tabela Especialidades, se não estiver vazio eu checo se o especialidade_2 está vazio e o mesmo no especialidade_3.

Até ai tudo OK. O problema é que tenho que fazer isso "aos pedaços", cada tabelas tem milhares de registros, e quando eu tentei fazer de uma vez só deu erro de timeout, e não posso mexer nas configurações do servidor, tenho que fazer aos poucos mesmo. Mas como eu diferencio os registros que já passei dos que ainda não passei?