Pegar a largura de uma janela com scroll

Boa tarde,

Estou fazendo um site responsivo onde uso o CSS com media="screen" estruturar e o jQuery para arrumar detalhes consigo via CSS.

Entretanto o Javascript e o CSS não reconhecem o mesmo valor de largura do documento quando a página possui alguma barra de rolagem (quando testo no firefox usando o Modo Design Adaptável - Ctrl + Shift + M - funciona normalmente).

Existe alguma forma de pegar a largura da janela de um site contando com o scroll ou de fazer com que tanto o Javascript quanto o CSS reconheçam a largura do documento como sendo a mesma?