Migrar banco de dados

Bom dia

Pessoal recebi um sistema para refazer o mesmo e estou com dúvidas de qual seria o melhor meio de fazer essa migração referente a banco de dados, atualmente o cenário do banco é esse:

* mysql 4.x

* totalmente sem normalização ou boa práticas de modelagem

* 8 anos de informações armazenadas que são super importantes para empresa

* o sistema é usado até hoje por isso o sistema atual ficará em uso até o dia da migração onde irei gerar um script para passar os dados do banco atual para o que será feito

Até o momento o que eu fiz foi gera um DER e organizar todas as tabelas para eu entender quem trabalha com quem.

Agora precisa saber como seria a melhor forma de criar esse novo banco de dados, o banco atual possui tabelas que apesar de não ter nenhum chave estrangeiras ou relacionamentos criados, mas são dependentes uma das outras.

Alguém poderia me dar uma ideia ?