Duas instâncias MYSQL no mesmo servidor, vai travar?

Galera, recorro a vocês para conseguir algumas idéias da melhor forma de se utilizar um servidor de banco de dados.

Tenho mais de uma aplicação, cada uma com um banco de dados distinto (ambos são mysql).

Porém periodicamente ou durante alguns processos, um script exporta informações de um banco para o outro.

Acontece que ambos bancos são gigantes, as vezes roda alguma consulta que chega a travar o mesmo.

Estou migrando agora para um servidor mais potente (bem mais potente :yes: ) e pretendo utilizar esta máquina para hospedar as duas aplicações e os dois bancos.

Minha dúvida, se acontecer de um banco travar, o outro será afetado?

É possível rodar duas instancias distintas de mysql no mesmo servidor? Se uma travar ou apresentar lentidão, a outra tbm sofrerá?

Qual a forma mais otimizada para utilizar num único servidor os dois bancos, e caso alguma consulta causar lentidão/travar a tabela, o outro banco permanecer funcionando?