Diretórios e organização em php

olá pessoal sou novo aqui no imasters!

gostaria de tirar uma duvida.

Como são organizados os diretórios de um site dinâmico profissional em php?

Por exemplo:

Como eu faço para o arquivo header.php que contem o menu do site, funcione em arquivos de outros diretórios?

'Quando eu crio um diretório (/diretório/) na pasta raiz do site onde fica a index.php, eu crio um arquivo (arquivo.php) dentro desse diretório, adiciono o (include"../header.php") nesse arquivo criado. mas os links e a logomarca não funcionam como funciona na index.php, por que o arquivo (header.php) está na pasta raiz'.

preciso muito da ajuda!!