YUI compressor em relação a organização dos arquivos

Olá a todos.

Estava até outro dia utilizando o seguinte plugin para fazer o minify de meus arquivos css e js.

https://code.google.com/p/minify/

Porém ouvi dizer que o YUI compressor é um dos melhores. Fui parar para estudar como funciona e notei que ele é uma biblioteca do java, da qual é necessário executar um comando para que o arquivo css ou js seja "minificado" e/ou combinado.

Porém, o problema que vejo é o seguinte.

Todos os meus arquivos css são executados em todas as páginas, porém os arquivos js não. Tem páginas que necessitam de certos arquivos que outras páginas não necessitam, portanto em meus projetos eu chamo os arquivos necessários apenas e executo o script do minify para abrir os arquivos respectivos.

Porém, como esse YUI compressor é criar um arquivo físico, como poderia fazer para solucionar esse problema.

Se eu juntasse TODOS os meus arquivos js em um só não ficaria pesado??

Desde já agradeço.