Arquivo retorno - Condição if else

Olá galera, tudo bem?

Me ajudem com essa lógica?

Estou fazendo a leitura do arquivo retorno do banco (cnab400), como alguns sabem, ele é um arquivo texto onde contem dados sobre os pagamentos recebidos pelo banco.

Nesse arquivo, já fiz a estrutura para ler todos os dados e estes já estão em variáveis, tudo certinho, e nestas variáveis existe uma que é o "Nosso numero", que nada mais é do que o ID do meu cliente me meu banco de dados. Porém, preciso fazer uma rotina que verifica se este id existe no banco de dados para depois fazer o update na tabela e os que não existirem retornar em uma query!

Por exemplo:

Este arquivo vem com 100 linhas de dados. Primeiramente ele tem que comparar todos que existem, dar baixa no DB e para aqueles que não existirem no DB ele me retorna uma query com os dados que não encontrou.

Hoje, minha estrutura de leitura está assim:

function linhaProcessada($self, $numLn, $vlinha) {
 if($vlinha) {
 if($vlinha["registro"] == $self::DETALHE) {

 $nossonumero = $vlinha['nosso_numero'];
 $datapagamento = $vlinha["data_ocorrencia"];
 $valorpago = $vlinha["valor_recebido"];
 $valorpago2=number_format ($valorpago, 2, ',', '.');
 $valorpago3=number_format ($valorpago, 2, '.', ',');
 $iid = $nossonumero;

 $conn = mysql_connect("localhost", "teste", "123456") or die ('Não foi possivel conectar ao banco de dados! Erro: ' . mysql_error());

 if ($conn) {mysql_select_db("teste", $conn);}

 $sql2 = mysql_query("select i.userid, i.status, i.created as data, i.total as valor, a.name as nome, a.company as unidade
 from invoices i
 inner join accounts a on (i.userid = a.id)
 where i.userid = $nossonumero
 group by `duedate`
 ");

 $unidade = mysql_fetch_array($sql2);

 $unidade1 =$unidade["unidade"];
	$datavenci =$unidade["data"];
	$valor_final =$unidade["valor"];
	$nome_inquilino = $unidade['nome'];

	$new_date = date('Y-m-d', strtotime($datapagamento));

// Atualizando a tabela Invoice

 $sqlupdate = mysql_query("UPDATE invoices SET status = 'Paid', total='$valorpago', duedate = '$new_date' WHERE userid = '$nossonumero'");

// Inserindo a transaçao de pagamentos

$sqlinsert = mysql_query("INSERT INTO transactions(ttype, tfrom, tto, amount, date, memo, status) VALUES ('Income', '$nossonumero', '102', '$valorpago', '$new_date', 'Invoice Payment', 'Completed')");

// Adicionando o valor no caixa

 $caixa = mysql_query("select balance from accounts WHERE acctype = 'Bank' ");

	$account = mysql_fetch_array($caixa);
	$balancooriginal =$account["balance"];
	$somabalanco = $balancooriginal + $valorpago ;

	$bancoupdate = mysql_query("UPDATE accounts SET balance ='$somabalanco'WHERE acctype = 'Bank'");

mysql_close($conn);

?>

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 <div class="title2">

 Arquivo Retorno UNICRED ==============> Dados Originais
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 <div class="tab-widget">
 <ul>
 <table class="table table-striped mbzero tbl-mail">
 <thead>

 <tr>
 <th width="50%" class="modal-footer">Registro:
 <?php echo $nossonumero; ?>
 </th>

 <th width="50%">
 Unidade:

 <?php
 if ($unidade1 != ''){echo $unidade1;}
 else {echo '<span class="alert-danger">Não Cadastrado</span>';}
 ?>
 </th>

 <tr>
 <th class="modal-footer">Data do pagamento:
 <?php echo $new_date; ?>
 </th>
 <th>Data da Emissão:
 <?php echo $datavenci; ?>
 </th>
 </tr>

 <tr>
 <th class="modal-footer">Valor Pago:
 <?php echo $valorpago2; ?>
 </th>
 <th>Valor Original:
 <?php echo $valor_final; ?></th>
 </tr>

 </thead>

 </table>

 </ul>
 </div>
 </div>
 </div>
 </div>

<?php