Prazo de entrega apertado

Pessoal, estou com um probleminha.

Tenho uma base com 586000 linhas, e todo dia aumentam de 8000 a 15000 registros, esta base vem formatada do excel, eu uso um LOAD DATA INFILE para armazenar, convertendo os valores para os tipos padrões, varchar, int, bigint e datetime, mas preciso dar um JOIN com outra tabela usando campos bigint, com outras duas tabelas usando campos varchar.

Até que eu consegui um resultado, mas demora 40 segundos no servidor, estou em cima do prazo, tenho que entregar amanhã, 12/07/2014 18:00, não sei como melhorar o desempenho desta consulta, criei índices mas não foi suficiente, como eu poderia proceder? Não consigo pensar em mais nada.