Loop para criptografar arquivos upados por ftp

Bom dia,

estou editando um script de hospedagem de arquivos para uso interno e nele tem uma função de upload separado por usuário, que ao fazer upload ele criptografa e salva esses arquivos no banco de dados normalmente, porém eu precisava que eu conseguisse fazer upload de arquivos por ftp também, mas como eles não estão criptografados nem salvo no banco de dados, o sistema nao exibe eles por questão de segurança, então eu precisava de fazer um loop para que ao o cliente entrar com o login dele o sistema lesse todas as subpastas e arquivos dentro da pasta geral dele, e para cada arquivo que não tivesse criptografado ele renomeasse eles e salvasse os dados no banco de dados, mas como posso fazer isso e quais funções devo usar?

O Algoritmo seria mais ou menos assim:

Cliente "Teste" logou
O sistema le a pasta root/teste
Verifica que tem 50 arquivos na pasta
Arquivos criptografados tem 10 caracteres no nome fora a extensão
Então para cada um dos 50 arquivos, verificar se tem 10 caracteres no nome, se tiver pular para o próximo se não tiver ele roda o script de upload usando os dados do arquivo atual
Enquanto ele estiver fazendo isso ficar alguma gif rodando indicando carregamento
Quando estiver pronto redirecionar para a página que exibe os arquivos do usuário

Me desculpem se não fui muito claro, estou começando agora com php e eu só sei editar algumas coisas por enquanto, estou estudando para conseguir construir scripts do zero ainda ;/

Desde já muito obrigado.